Jeśli chcemy żeby synchronizacja wykonywana była automatycznie wg określonego harmonogramu musimy przejść do modułu Administracja->Ustawienia systemu->Opcje systemu->Synchronizacja i tutaj zmienić Automatyczna synchronizacja->Włącz oraz Co ile synchronizować->(tutaj ustawiamy czas co ile ma być wykonywana synchronizacja automatyczna).

Przed włączeniem automatycznej synchronizacji wymagane jest uruchomienie usługi Proton serwis. modułu Administracja->Ustawienia systemu->Opcje systemu->Proton serwis->Przejmij serwis i potem Start. Dodatkową opcją, która musi być zaznaczona w ustawieniach Proton Serwis jest Uruchamiaj usługę Proton Serwis z tego komputera.